La película transcurre a lo largo de un día en la vida de un par de jóvenes, Trish (interpretada por Gina Philips) y su hermano Darry (protagonizado por Justin Long). Cuando ellos van conduciendo por una carretera de Florida del Norte (un extremo del país), ven a un misterioso conductor de un antiguo Chevrolet 1941, que se empeña en rebasarlos, pese a que ellos no se lo impiden. Un poco después ven la misma camioneta y a su conductor arrojando, a un tubo metálico que estaba al lado de una capilla, algo que los hermanos vieron moverse, enrollado en una manta ensangrentada y atada con una cuerda de montaña. Al darse cuenta de que le están observando, los persigue con su coche (que a pesar de ser tan antiguo tiene un motor excepcionalmente potente), tratando de sacarlos de la carretera a embestiduras, hasta que finalmente, aprovechando un nuevo golpe, se desvían a propósito hacia un campo cercado, donde se detienen.
Después de que el conductor tratara de sacarlos del camino, Darry insiste en que vuelvan a la iglesia a investigar. Darry le propone a Trish que se detengan para investigar la tubería que conducía a un sótano. Entonces llegan ratas y él se altera, causando que Trish pierda el equilibrio, dejando caer a Darry por la tubería. Cae en un recinto, donde encuentra una victima todavía viva pero moribunda, que tiene una costura en el pecho, sin poder salvarla. Al seguir revisando, se da cuenta de que hay cientos de cadáveres cosidos juntos, cubriendo las paredes de una gran caverna debajo de la iglesia, en la que hay algunos muebles llenos de frascos con líquidos extraños. Da con la salida del sótano hacia la iglesia, cuando se disponía a salir, se dio cuenta de que había dos cadáveres cosidos juntos que le le resultaron familiares. Eran los cadáveres de dos conocidos que habían muerto en un accidente de coche hace ya varios años. Darry consigue salir del sótano. Con Darry mentalmente paralizado por lo que ha visto, el y Trish salen de allí hacia una estación de servicio donde llamarán a la policía. En el camino Darry solo expresa una idea general de lo que vio. Mientras esperan la llegada de la policía, suena el teléfono del bar y Trish contesta, solo que no era alguien de la policía. Han llamado a una vidente llamada Gezelle, quien extrañamente sabe mucho de lo que les ha pasado y sobre como están ahora, lo que explica basandose en haberlos visto a ellos y al camión negro que los persiguió. Les advirtió sobre lo que ellos vieron, diciendole a ambos que en uno de los dos había visto algo que le gustaba y que hasta que consiguiera eso, no dejaría de perseguirlos. Ella puso el auricular del teléfono al altavoz del tocadiscos la canción "Jeepers Creepers" y les dijo que cuando oigan esa canción ellos tienen que huir lo más rápido y lejos posible, ya que significa que lo que los persiguió esta cerca, pero ellos la ignoran. Llega la policía y luego que Darry narra su historia, uno de los oficiales considera que lo ha imaginado producto de un golpe en la cabeza, a pesar de que no demuestra que no les cree. En ese momento, la camarera de la estación de servicio entra diciendo que ella y unos cuantos clientes han visto como un extraño abría el auto de Darry, sacaba algo de ropa de su equipaje y la olia, antes de abandonar el auto. Entonces los oficiales ofrecen llevarlos a un lugar seguro, pero en el trayecto les informan que la iglesia mencionada por los chicos ha sido quemada (y con ella todo evento de su existencia).
Mientras Trish conducía, quiso poner la radio cuando, por sorpresa y desesperación, Darry escucho la melodía que la vidente les puso por teléfono, y entonces los oficiales fueron atacados por el mismo conductor del Chevrolet de 1941. Los chicos, tras detenerse y comprobar que ambos oficiales están muertos, así como ver al conductor del Chevrolet comiendose la cabeza de uno de los oficiales, escapan buscando un teléfono o algún poblado cercano para pedir ayuda cuando ven una casa al lado izquierdo de la carretera. Los dos, aterrotizados, bajan del coche y llaman para ver si había alguien dentro. Les contesta una anciana que sale de la casa armada con una escopeta para poder protegerse. Trish le pregunta si pueden utilizar el teléfono para llamar a la policía. La anciana les da paso pero antes de poder entrar, al ver una figura extraña en el lugar que ocupaba el espantapájaros de su huerto. Ella dispara a la criatura, esta sale volando y cae dentro de la casa. La anciana entra y la criatura la asesina. Cuando los chicos ven a la anciana agarrada del cuello por la criatura, los dos intentan huir pero el monstruo se les pone en medio de la carretera. Trish da marcha atrás y adelante, atropellando varias veces a la criatura hasta que parece quedar tan aplastado que el viento se lleva sus restos. La criatura levanta una ala para intentar irse pero solo logra agitarla con fuerza hasta quedarse inmóvil en el suelo. Trish y Darry huyen enseguida hacia una comisaria.
Ya en la comisaria, Gezelle les habla de la naturaleza del monstruo: es una criatura infernal llamada "The Creeper", que se despierta cada 23 primaveras, durante 23 días, para satisfacer su hambre comiendo órganos humanos que después se convierten en parte de él. Ella también les dijo que elegia a sus víctima a través del miedo, y que el encontró algo en especial dentro de ellos, pero ella no lo quería contar. Después "The Creeper" atacó la estación de policía así ganando entrada a las celdas. Los policías llegaron rápido a dispararle, pero el ya había matado a un prisionero. Gezelle guio a Trish y Darry hacia arriba de la comisaria, diciendo que uno de ellos dos debía morir, gritando en la oscuridad mientras la canción "Jeepers Creepers" sonaba en un viejo tocadiscos. Creeper se pone enfrente de Gezelle y la olfatea, pero la deja ir. En seguida, el monstruo, subió escaleras arriba para buscar a Trish y a Darry.
Trish y Darry entraron en una sala de detenidos pero lo que no sabían era que el monstruo estaba muy cerca de ellos. La criatura entró en la sala y los cogió a los dos, al instante, subieron el equipo policial para matar al animal. La criatura olfateó a los dos pero en Darry percibió algo que le gustó y soltó a Trish. El monstruo siguió olfateando a Darry hasta que de un salto, salió por la ventana y se perdió por el horizonte. Trish corrió hacia la ventana gritando desesperadamente.
La escena final muestra a Creeper en su guarida (un cuarto de calderas abandonado) mientras suena la canción "Jeepers Creepers". Luego se pudo observar el cadáver de Darry sin ojos y faltándole la mitad trasera de la cabeza. El monstruo situó su cabeza mirando hacia afuera por las órbitas de Darry. ¡La criatura tenia los ojos de Darry!
